学校始建于1998年，当时主要是根据全国第三次教育工作会议精神，为创建昆明医学院高职教学院和海院学院奠定了基础并输送了生源。学校开设有医药类、信息类、管理类等专业。发展至今已有16年的历史，积累了一定的办学经验，也取得了一定的成绩。为社会输送了20000余名医药技术人才，多年来，就业率保持在98%以上，学生遍及全省，不少学生现已成为企事业单位、医疗卫生等部门的业务骨干和领导。
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根据《国务院关于大力推进职业教育改革与发展的决定》和《教育部关于加快发展中等职业教育的意见》，学校走科学发展“一年整合、三年提升、五年跨越”的道路，深化学校教育改革和管理创新，拓宽教育资源开辟发展空间，努力实现“专业建设一流”、“‘双师’教师优良”、“校园文化繁荣”、“学生择业抢手”、“社会培训看好”的办学目标。
昆明医药职业技术学校与云南医技培训学校二块牌子，一套班子，多年来共同做好康复技术(护理、保健推拿)、药品营销、眼睛验光、公共营养、心理咨询等专业培训工作。培训合格者，根据不同专业由学校分别颁发由云南省人办资源和社会保障厅、卫生部门验印的职业资格证书。每年的培训合格率在90%以上。
